Während zahllose Schlachten an allen möglichen Schauplätzen der Galaxis während der Klonekriege tobten, kontaktierte Darth Sidious die Klonkommandaten aller Fronten, um die Order 66 auszuführen: Tötet alle Jedi!
Commander Cody auf Utapau erhält den Befehl als erster. Die Klontruppen beginnen Obi-Wan Kinobi anzugreifen. Doch obwohl er und sein Reittier stürzen, ist er in der Lage, seinen Angreifern auszuweichen und zu entkommen.

Auf Kashyyyk erhält Commander Gree die Order 66 und beginnt mit seinen Männern Meister Yoda anzugreifen. Doch auch Yoda gelingt es mit Chewbaccas und Tarfulls Hilfe zu entkommen.

In den anderen Teilen der Galaxis haben die Jedi nicht so viel Glück. Auf Mygeeto wird Ki-Adi Mudiwährend einer Schlacht von seinen Truppen niedergeschossen, Aayla Secura und Barriss Offee erwartet auf Felucia dasselbe Schicksal, Plo Koon wird in der Luft über Cato Neimodia abgeschossen und Stass Allie wird auf Saleucami niedergestreckt...